Айсберг, это может служить поводом для отказа.
Решить эту проблему, думаю, можно путем обращения к главному архитектору города, с заявлением о внесении необходимых изменений в план квартиры, далее - в ЖЭК.
Т.е легализовать изменения, а затем приватизировать.